En 29 de enero de 1986 fue designada como reserva natural ( áreas que poseen un gran valor ecológico). Además posee estas caraterísticas represenata valor arqueológica cultural, turísticos y educativos.

La reserva se encuentra a 45 millas al este de San Juan y a 3 millas al norte del pueblo de Fajardo en el extremo 65 grados latitud 37 y longitud 30. Al norte y al oeste esta bordeada por el Océano Atlántico, al  este por Cabeza Chiquita y al sur por la carretera #987. Su extención es de 583 cuerdas y su área superficial de 1,965.04 cuerdas de zona marítima

Laguna Grande:

Laguna Grande es una laguna costanera bordeada por manglares. Pertenece al grupo de lagunas  saladas debido a que se comunica directamente con el mar. Al suroeste de la laguna hay un pequeño canal que permite la interacción con la Bahía Las Croabas. Al sur de la laguna hay dos canales pequeños que comunican con la Laguna Soroco y con los anegados al este.

Es una de las lagunas más transparentes de la Isla. Las lagunas con manglares hacen propicico el que se establezca un sistema marino con una gran cantidad de organismos plactónicos (zooplancton-animales, fitoplancton- plantas) y betónicos (animales y plantas que viven en el fondo del mar)

La Laguna Grande es importante para el desarrollo de algunas especies de crsutáceos de valor económico como los jueyes y las langostas.

La comunidad marina más desarrollada del area son las praderas de Thalasias, zona de gran productividad biológica.

Las aguas poco profundas de la laguna favorecen la presencia de una población numerosa de medusa tropical (Cassiopea)

Laguna Grande representa probablemente una de las áreas más ricas en vida marina e importancia para la pesca total. Es una de las pocas lagunas que presenta el fenómeno bioluminicencia en P.R, causado por el micro-organismo  (Pyrodinium bahamense)

Flora:

Existen seis tipos diferentes de comunidades; manglares, matorral siempre verde del litoral. cocotal, playas rocosas, arenosas y arrecífes de coral. 

Manglares_ Se encuentran en esa reserva representados, varios rodales de mangle compuestos por mangle rojo, negro, blanco y botón. Los sistemas en este lugar se dividen en dos grupos: mangles asociados con las lagunas pequeñas localizados en las porciones oeste, norte y este de la reserva y los asociados con la laguna grande y áreas adyacentes.

Matorral siempre- verde del litoral- Esta vegetación nace principalmente en los cabos de San Juan. Debido a que están más expuestos al viento, el crecimiento de los árboles se ve afectado predominante así los árboles se ve afectado predominanado así los arbustos y las yerbas. En esta área se observan pastizales y arbustos de las especies de Andropogon pertutus(yerba), palo de burro, uva de playa, cachimbo, Cariaquillo Sta María.

Arboleda siempre verde del litoral (Bosque xerofítico)

Este tipo de vegetación es la que predomina en la reserva, ocurre en sucesión en una porción amplia del terreno montañoso al norte de Laguna Grande, incluyendo las Cabezas de San Juan y dos colinas pequeñas al sur y sureste de la laguna. La especie dominante en la reserva es Yerba. En la parte principal del bosque xerofítico predominan las plantas leñosas y los árboles pequeños incluyendo Cariaquillo, Cachimbo, Coscorrón y palo de burro. La vegetación en las colinas de San Juan es similar a la del bosque xerofíticio principalmente en el extremo norte.

Cocotal-

La zona de la Reserva que bordea Ensenada Yegua se compone mayormente de un cocotal (Cocos nucifera) que se utilizó comercialmente en el pasado .Al paralizarse la actividad comercial , se desarrolla otra suseción secundaria de vegetación que consiste de arbustos como Tintillo. Cariaquillo, Uva playera y Cassia que predominan bajo las palmas.

Playas rocosas y arenosas-

Parte de los atractivos naturales de la Reserva lo constituyen este tipo de playas. Dichas playas están formadas de guijarro, rocas volcánicas y rocas sedimentarias. La vegetación predominante del lugar son las especies de Barillia, Matojo de burro y Bejuco de Playa.

Arrecífes de coral-

Las pequeñas penínsulas boreadas de aguas llanas que  componen las Cabezas de San Juan son propicias para el desarrollo de arrecífes de coral y praderas de Thalasias. Estos arrecífes poseen un valor estéctico incalculable, sirven de refugio y hábitat para la alimentanción , reproducción y vivero de especies marinas.

Fauna:

Las siguientes especies están presentes en las aguas de Las Cabezas de San Juan: Sábalo, Mijua, Róbalo, Pargo, Picudilla y Boquicolorado.

Algunas aves como los patos, las garzas, playeros, Pelícano Pardo y Paloma Cabeciblanca hasn sido obervadas en el lugar. EL Pelícano Pardo y la Paloma Cabeciblanca son especies protegidas por las Leyes Federales, pues son consideradas como especies raras y en peligro de extinción. En esta reserva hay dos zumbadores importantes ya que este es el extremo de su distribución estos son el Zumbador Pecho Azul y el Zumbadorcito

Siete especies de reptiles se euncuentran representadas en el lugar , de las cuales cuatro pertenecen en el género Anolis. También se han encontrado otros animales como moluscos, antrópodos y vertebrados.

Hay evidencia de yacimientops arqueológicos de origen aborigen . Entre la evidencia encontrada hay restos de alimentos (huesos, caracoles y almejas) y cerámica.