Los mogotes representan uno de los mejores ejemplos en el mundo de la topografía kárstica (formación iregular de piedra caliza que cuenta con sumideros, riachuelos subterráneos y cavernas).  La mayoría de los suelos en esta región son derivados de piedra caliza por el cual la extracción excesiva de ésta sería amenza al ecosistema de los mogotes. Otras actividades humanas que impacatan negativamente esta región son el desarrollo agrícola, la ganadería, la urbanización, la costrucción de las carreteras la contaminación producida por las industrias que han proliferado en el área.

Como resultado de la deforestación casi total que sufrió la isla en épocas pasadas, es poca la vegetación original que queda en las tierras llanas entre los mogotes. Sin embargo, con el abandono de la agricultura, estas tierras llanas se han cubierto de vegetación secundaria. Las únicas tierras que pertenecen relativamente inalteradas son las cimas de los mogotes, por su inaccesibilidad dada su escabrosa topografía. Los mogotes son como "Islas refugio" para una variedad de plantas y animales, que en algunos casos, no existe en ningún otro lugar del mundo.

La actividad humana amenaza ahora los pequeños segmentos naturales que quedan. La Boa puertorriqueñas (Epicrates inornatus) se encuentra en toda la región norte de Puerto Rico. Esta culebra inofensiva está siendo amenazada por la modificación de su hábitat acasionada por las actividades humanas antes mencionadas.

Además, las personas las matan debido al tradicional miedo a las culebras y para conseguir su aceite, el cual se usa en la medicina popular.

La modificación de los mogotes, sus cuevas y cavernas podría tener consecuencias nefastas para el balance ecológico de esta región tan especial. Las cuevas y cavernas representan el refugio diurno para cientos de miles de murciélagos. Ya que algunas de las especies de estos mamíferos son insectivoras, tienen gran importancia como control biológico de insectos. Otras polinizan muchas especies de plantas, incluyendo algunos cultivos agrícolas.

Los murciélagos tienen un papel importante en la dispersión de semillas ya que vuelan sobre un territorio muy grande. Además son parte esencial en la dieta de la Boa puertorriqueña. El murciélago rojo frutero (Estenoderma refum)  es una especie amenazada que se ha reportado en el Bosque Cambalache.

Existe en este Bosque 149 especies de árboles de los cuales 15 son endémicos a Puerto Rico y 10 han sido catalogados con en peligro de extinción. Entre elllos:

1- Matabuey- Goetzea elegans
2- Palo Ramón- Banara vanderbitil
3- Palo de rosa- Ottodschulzla rhodoxylon

Se han reportado 42 especies de aves y 14 reptiles y anfibios. Las aves incluyen al menos 6 de las 12 especies endémicas en Puerto Rico.

1- Pájaro bobo mayor- Saurothera wielilloti
2- San Pedrito-Todus mexicanus
3- Zumbador verde- Anthracothorux viridis
4- Come ñame de Puerto Rico-Chlorostibon maugaeus
5- Bienteveo- Vireo latimer
6- Carpinetero de P R-Melanerpes portoricencsis

El Bosque cuenta con áreas recerativas-dos de acampar, de bicicleta 6 kms de veredas para caminar y un viveros de árboles ornamentales